Uzak gelecek, 5012 Uzaylılar＞ tarafından Dünya'nın havadan ani istilası ve Yarattıkları ＜Makine Yaşam Formları＞ insanlığı yok olmanın eşiğine getirdi. Ay'a sığınan insanlardan hayatta kalanların sayısı, karşı saldırı düzenlemek için ＜android＞ askerleri Dünya'yı yeniden ele geçirmek için. Ancak, ＜Makine Yaşam Formları＞ sonsuz bir şekilde çoğalmaya devam ettikçe savaş bir çıkmaza girer. Buna karşılık, insanlık nihai bir silah olarak yeni bir android asker birimi konuşlandırır: ＜YoRHa＞ Dünya'ya yeni gönderilen ＜2B＞, şu anda orada bulunan analist ＜9S＞'a katılır ve görevleri sırasında sayısız gizemli fenomenle karşılaşırlar... Bu, bu cansız ＜androidlerin＞ ve insanlık uğruna verdikleri sonsuz mücadelenin hikayesidir.