Japonya'daki otaku kültürünün "SSC" olarak bilinen gizemli bir organizasyon tarafından yok edildiği distopik bir yakın gelecekte geçen Magical Girl Destroyers, otaku kültürünü seven genç bir devrimci olan Otaku Hero ile Anarchy, Blue ve Pink'in talihsiz maceralarını konu alıyor. ona hayran olan üç büyülü kız. Birlikte, "sevdiğiniz şey hakkında sevdiğiniz şeyi istediğiniz kadar söyleyebileceğiniz bir dünya" yaratmak için mücadele ediyorlar.